Liksom i den ursprungliga Terra Mystica lever fjorton olika fraktioner på sju olika sorters planeter, och varje fraktion är bunden till sina egna hemplaneter, så för att utvecklas och växa måste de terraforma närliggande planeter till sina hemmiljöer i konkurrens med de andra grupperna . Dessutom kan Gaia-planeter användas av alla fraktioner för kolonisering, och transdimensionella planeter kan ändras till Gaia-planeter.
Alla fraktioner kan förbättra sina färdigheter inom sex olika utvecklingsområden - Terraforming, Navigation, Artificiell Intelligens, Gaiaforming, Economy, Research - vilket leder till avancerad teknik och speciella bonusar. För att göra allt detta har varje grupp speciella färdigheter och förmågor.
Spelområdet består av tio sektorer, vilket tillåter en variabel uppställning och därmed ett ännu större replayvärde än föregångaren Terra Mystica. Ett spel för två spelare finns på sju sektorer.
